השטחים החקלאיים בערבה הדרומית מבודדים יחסית אחד מהשני, כמו גם מאזורים אחרים בארץ. למרות הבידוד קיימות מחלות ונגעי צמחים רבים ומגוונים בשטחים שלנו.
במשך שנים רבות, מו"פ ערבה דרומית, בסיוע חוקריו, מדריכי שירות שדה, משרד החקלאות, בהגנת הצומח וחוקרים במנהל המחקר החקלאי, עובדים בשיתוף פעולה, במטרה להתמודד עם הבעיות שנגרמות על ידי מזיקי צמחים ומחלות.
מכיוון שהערבה הדרומית גובלת במצרים ובירדן (וקרובה לערב הסעודית), אנו עדים מעת לעת לפלישה של מיני מזיקים חדשים שלא נראו בעבר, באזורינו.
מו"פ ערבה דרומית מקדיש מאמצים רבים להתמודד עם אתגרי הגנת הצומח, בערבה.